ptyrodactyl.simul
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.. automodule:: ptyrodactyl.simul
   :no-members:

Simulations
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.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.stem_4d
.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.stem4d_sharded
.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.cbed
.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.make_probe
.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.shift_beam_fourier
.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.decompose_beam_to_modes

Propagation
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.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.propagation_func
.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.transmission_func

Aberrations
-----------

.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.aberration
.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.wavelength_ang

Detectors
---------

.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.annular_detector

Fourier Space
-------------

.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.fourier_coords
.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.fourier_calib

Atomic Potentials
-----------------

.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.kirkland_potentials
.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.kirkland_potentials_crystal
.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.single_atom_potential
.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.bessel_kv
.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.contrast_stretch

Preprocessing
-------------

.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.parse_crystal
.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.parse_poscar
.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.parse_xyz
.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.atomic_symbol

Geometry
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.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.reciprocal_lattice
.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.rotate_structure
.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.rotmatrix_axis
.. autofunction:: ptyrodactyl.simul.rotmatrix_vectors